地球の平和を守るため、ヒュダラー一族と戦うマグナマンの紅一点マグナピンクこと桃瀬マキ。しかし、宇宙の彼方からやってきた銀河パトロールによって、自分は惑星マグナの末裔であることを知らされる。そしてもうひとつ、銀河でもっとも危険な生物ンドゥバがこの地球にやってきていることも…。ある日、マキは基地内更衣室で突然ンドゥバに襲われる！体中を蜘蛛糸で巻かれたマキをまさぐるンドゥバ。警報によって難を逃れたものの、ンドゥバの反応を追った先でヒュダラー一族最強の戦士ヒュドリア将軍と鉢合わせてしまう。そしてそこにンドゥバも乱